حوزه علميه خوي را مي توان به سه دوره تاريخي تقسيم کرد.
دوره اول:
دوره نخست پس از دو رويداد مهم، يعني کوچ عالمان اهل سنت با استيلاي مغول از خوي و روي دادن جنگ چالدران ميان ايران و عثماني شکل گرفت. جنگ چالدران موجب حضور جمعي از عالمان شيعه در اين ديار که در شمال غرب خوي واقع است، شد. اين حضور زمينههاي شکوفايي فرهنگ علوي را فراهم ساخت. آنها با شهادتشان در اين جنگ به تشييع عظمت بخشيدند. لذا دوره نخست حوزه خوي، دوره روي آوري عالمان شيعه به اين ديار است.